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1959년 고등공민학교 인가를 받은 국내 유일의 공립 공민학교로, 통영시 문화동에 위치한 통영문화원(통영청년단회관) 1층에 자리하고 있다.
1963년 2월 20일 마산시 추산동 69번지에 마산고등기술학교로 설립하였다. 1965년 1월 8일 현재 위치인 마산시 상남동 46번지로 교사를 이전하였다. 1987년 9월 29일 경남교위 관리 25416-1075에 의거 학력 인정을 지정받고 1997년 5월 1일 경남전자고등학교로 교명을 변경하였다.
2024년 8월 6일, 드론전자과(1학급), 스마트게임과(1학급), 전자통신과(1학급), 웹툰미디어과(1학급)로 학과개편 및 신설하였으며, 2025년 현재 57회 졸업생 총 12,576명을 배출하였다.